El interés mostrado por los investigadores nombrados y después de un arduo trabajo, se consolida luego del apoyo de la Empresa Minera Southern Perú, y así estos investigadores logran encontrar unas interesantísimas colecciones arqueológicas procedentes de los valles de la costa, valles intermedios e interandinos. Se forma entonces, la Asociación Contisuyo, apoyada hasta la actualidad por la empresa minera, una entidad sin fines de lucro, dedicada principalmente a fomentar las investigaciones arqueológicas y difundir nuestro patrimonio arqueológico y cultural. El año de 1994 se inaugura un moderno museo con la intervención directa  del arquitecto Franco Vela, del museólogo Rodolfo Vera y la Sra. Bertha Vargas. El diseño arquitectónico del Museo Contisuyo, abarca un área aproximada, de más de novecientos metros cuadrados  y manifiesta la tradicional arquitectura muy propia de la ciudad, de mojinete. En el primer nivel encontramos dos áreas de depósito climatizados y además un gabinete de investigación y conservación para los materiales donde los investigadores realizan su trabajo.En el segundo nivel, podemos ver la Sala de Exposición Permanente, conjuntamente con sala de recepción y espera.

En el tercer nivel se encuentran las oficinas administrativas que van desde las responsabilidades del manejo de colecciones, administrativas y la dirección. Los otros espacios son la biblioteca, sala de exposición temporal, y un auditorio para más de 100 personas.