El interés mostrado por un grupo de arqueólogos peruanos y extranjeros por la arqueología de la región allá por los años ochenta y dirigidos por el Dr. Michael Moseley conllevó a la creación del Programa Contisuyo, conformado luego por nuevos miembros que se fueron agregando a los anteriores investigadores, se logran hallazgos muy interesantes debido a la antigüedad de la zona. La idea de encontrar evidencia de pobladores tan antiguos, se consolida más tarde con el apoyo de la empresa minera Southern Peru Copper Corporation, que auspició una serie de investigaciones arqueológicas en los valles de Moquegua, para luego lograr importantes excavaciones arqueológicas y propiciar más tarde la realización de numerosas tesis de maestrías y doctorados tanto en el Perú como en el extranjero.
Tiempo después, en 1994, también con el apoyo de la empresa minera Southern Peru, se funda la Asociación Contisuyo y se fusiona al Programa Contisuyo para crear el 9 de setiembre del mismo año, el Museo Contisuyo.
El nuevo edificio del Museo presenta un diseño arquitectónico tradicional, de mojinete. En el museo se desarrollan actividades de conservación con depósitos climatizados, gabinete de investigación y conservación para los materiales arqueológicos de toda la región. Asimismo conlleva un interés muy especial su Sala de Exposiciones Permanente donde pueden verse evidencias culturales con una antigüedad de más de doce mil años.
A lo largo de estos cortos años, el Museo Contisuyo, se ha convertido en un importante centro cultural donde se hacen investigaciones, conservación, difusión del patrimonio arqueológico y cultural para así educar y fortalecer nuestra identidad local y nacional. Para ello contamos con la tecnología y un personal técnico calificado en la protección del patrimonio arqueológico y cultural de Moquegua, lo cual nos permite realizar cambios en las muestras permanentes y temporales.
Actualmente la Directiva de la Asociación Contisuyo está integrada por las siguientes personas:
Presidente: Rogelio Martínez Villa
Vicepresidente: Christian Dennis Gonzáles Roncal
Miembro: Felipe Carlos Gonzales Gonzales
Miembro: José Luis Diaz Cóndor
