PERIODO DEL INTERMEDIO TARDÍO

A comienzos de este período, alrededor de los años 1000 a 1100 d.C., tras el colapso de Tiwanaku, una nueva fase empezó con los descendientes de los colonos tiwanaku, a quienes se les denominó los tumilaca. Éstos se distribuyeron en los valles de Tumilaca, y Torata Alta, otros colonos se fueron hacia la costa compartiendo el valle con nuevos grupos culturales que fueron surgiendo como los chiribaya.
Los tumilaca, en el transcurso del tiempo, disminuyeron su población, posiblemente fueron absorbidos por los chiribaya.

Aún sigue en investigación la procedencia de la cultura Chiribaya. Quizá fue gente que siempre vivió en la costa y tuvo la influencia de los tiwanaku o fue un grupo descendiente de los colonos de este grupo cultural, cualquiera que fuese su origen, los chiribaya empezaron a surgir por los años 900 d.C., es decir, a finales del Horizonte Medio.

Las poblaciones chiribaya, tanto en la costa como en la sierra, posiblemente, disminuyeron drásticamente debido a inundaciones y huaicos catastróficos causados por lluvias del evento llamado «Miraflores», un fenómeno del «Mega Niño» alrededor del año 1350 d.C. La terrible pérdida de vidas, destrucción de la infraestructura agrícola y doméstica, el hambre y las enfermedades fueron consecuencias que siguieron azotando a los chiribaya por varios años más sin que pudieran recuperar su numerosa población, dejando espacio así,  para que nuevas inmigraciones poblaran los valles de esta región.

La cultura Estuquiña empieza a desarrollarse en Moquegua, aproximadamente, en el año 1200 d.C.   Estos pobladores, muy probablemente hayan migrado de la sierra alta.  Los estuquiña construyeron una compleja andenería y sistemas de irrigación.  Este sistema tuvo como objetivo sostener a una enorme población.

Los estuquiña vivieron en pequeñas ciudades aglutinadas en cerros, que contaban con murallas defensivas. Lo cual nos indica que sus poblaciones temieron ser atacadas. Algunas poblaciones menores de los estuquiña se trasladaron hacia la costa del valle de Ilo.

A pesar de las impresionantes obras de ingeniería, los estuquiña tuvieron una manufactura artesanal sencilla en cuanto a su cerámica, sus tejidos no fueron teñidos. Sin embargo, tuvieron líderes que organizaron muy bien las obras agrícolas y defensivas.

Este período abarca los años 1450 - 1534 d. C.; la expansión territorial incaica se inicia aproximadamente 100 años antes de la conquista española, desde el norte del actual Ecuador hasta la parte central de Chile, por el sur.

El ejército incaico llegó a Moquegua hacia el año 1475 d.C., según algunos datos históricos, parte de la gente local, los estuquiña, se retiraron a una cima fortificada (posiblemente al cerro Baúl), donde fueron sitiados hasta que el hambre y la sed los obligó a rendirse.
Los incas establecieron posteriormente un centro regional importante en Sabaya (Torata), y aprovecharon el gran sistema de andenería construido por los estuquiña y que fuera explotado de admirable forma . Asimismo, los incas, como lo hacían en otros sitios, nombraron estratégicamente a líderes locales nombrándolos funcionarios del Tawantinsuyo, les dieron algunas ventajas a cambio de su cooperación en la recaudación de impuestos.